20 Eines de codi obert poden ajudar a COVID-19 Cure Research

Els governs, els científics i les institucions de recerca estan utilitzant la tecnologia i la innovació per abordar COVID-19.


S’han desenvolupat eines de codi obert, i se segueixen provant algunes per donar suport als esforços que s’han realitzat per minimitzar els resultats d’aquest virus mortal.

Ja hi ha una sèrie d’eines de codi obert que ajuden els investigadors a conèixer la malaltia, identificar la propagació, prevenir la propagació i minimitzar la propagació i la mort. Podeu trobar una varietat de projectes al web Ecosistema educatiu que descriu com utilitzar diferents eines.

Aquest article mostra algunes de les eines i biblioteques de codi obert que s’utilitzen en el seguiment, prevenció i contenció, diagnòstic i tractament de COVID-19..

Mapa de seguiment de COVID-19

Al gener, el Centre de Ciència i Enginyeria de Sistemes del JHU va llançar un Mapa global de seguiment de COVID-19 que es va convertir ràpidament en una font de confiança internacional de les dades de la pandèmia en evolució en temps real.

El mapa és de codi obert i s’ha utilitzat per impulsar els esforços de recerca i visualització per part de les millors organitzacions de mitjans de comunicació, petites organitzacions i governs locals.

DXY-COVID-19-Rrawler

DXY-COVID-19-Crawler és un dels primers projectes de codi obert desenvolupats per respondre a COVID-19 al gener.

Els desenvolupadors van utilitzar dades de DXY.cn, un lloc que van utilitzar els metges de la Xina per informar i fer un seguiment de casos. Van desenvolupar un rastrejador web que recopilava dades del lloc i la posaven a disposició mitjançant una API i un magatzem de dades. El codi està disponible a Github.

Obriu el kit de dades

Kit de dades obert (ODK) no és una nova eina. S’ha utilitzat abans durant els brots d’Ebola a l’Àfrica occidental el 2004 i el brot més recent a la República Democràtica del Congo el 2019.

Principalment ajuda els usuaris a recopilar, gestionar i utilitzar dades en la traça de contactes, el mapatge estratègic, el suport a la decisió, la sensibilització de la comunitat i la gestió de casos..

La comunitat ODK ha avançat encara més el seu ús en resposta al COVID-19, posant a la seva disposició un formulari d’informació en els seus desplegaments. El formulari està dissenyat segons el protocol de l’Organització Mundial de la Salut per investigar casos i investigar la traça i la investigació.

Els desenvolupadors líders també ofereixen suport gratuït a qualsevol organització que hagi implementat l’ODK en resposta a COVID-19.

Nextstrain

Nextstrain fa un seguiment de l’evolució dels patògens. Abans s’ha utilitzat per conèixer l’historial familiar d’una malaltia, per la qual cosa permetia predir la progressió de la malaltia.

Ha estat utilitzat amb èxit en epidèmies anteriors, com l’Ebola. A través de dades genètiques de la Iniciativa Mundial per compartir totes les dades de la grip (Gisaid), Nextxtrain s’està utilitzant per combatre COVID-19.

DHIS2

Probablement ja ho sabeu DHIS2. És el sistema de gestió d’informació sanitària més gran del món. S’utilitza en més de 70 països. Com a part de la resposta a COVID-19, DHIS2 ha llançat un paquet de dades digitals que accelera la detecció, la notificació, la vigilància i el tractament de la malaltia..

El paquet de dades digitals DHIS2 fa ús de metadades estàndard alineades amb el protocol de l’OMS sobre la definició i vigilància del cas COVID-19 per permetre el desplegament i la resposta ràpids..

Pikobar Java Occidental

El Centre d’Informació i Coordinació d’Indonèsia per a Malalties i Desastres és un centre de resposta a les crisis per mitigar i respondre al COVID-19 a la província d’Indonèsia de Java Occidental..

El servei digital de Jabar ha desenvolupat, com a part de la resposta, un eina i aplicació web de codi obert que permet als usuaris accedir a les dades més recents de COVID-19.

OpenMRS

OpenMRS és un sistema d’atenció al pacient que s’utilitza en molts països en desenvolupament a tot el món. A causa de la flexibilitat de la web Sistema OpenMRS, els països que han tensat els recursos sanitaris poden utilitzar-lo per a la vigilància, el cribratge i el tractament del COVID-19.

El sistema pot ajudar-los a ampliar la seva capacitat donant-los accés a informació de base científica sobre com afrontar la crisi.

OpenLMIS

El Projecte OpenLMIS fa ús d’una tàctica centrada en la comunitat per desenvolupar un sistema d’informació de gestió logística de codi obert i ajustable. El sistema OpenLMIS pretén millorar la precisió de les dades, augmentar la rendició de comptes, millorar la puntualitat de les dades i la visibilitat.

El sistema OpenLMIS pretén millorar les cadenes de subministrament sanitaris, l’inventari de recursos mèdics per proporcionar una imatge clara dels subministraments mèdics disponibles, inclosos els kits de prova i els equips de protecció personal (PPE). Aquesta eina es pot desplegar eficaçment per donar suport als responsables de decisió en l’assignació de recursos com a resposta a COVID-19.

Els llocs de salut

El Projecte de mapeig global de llocs de salut és un projecte destinat a mapar totes les instal·lacions sanitàries del món i fer que els detalls de cada hospital siguin fàcilment accessibles. Les dades sobre instal·lacions sanitàries s’han fet accessibles mitjançant una API.

Col·laborant amb els usuaris, l’equip healthsites.io captura i valida la ubicació i les dades de contacte de cada centre sanitari i fa que les dades estiguin disponibles i accessibles lliurement mitjançant una llicència Open Data.

SORMAS

SORMAS (Sistema de gestió i anàlisi de respostes de brots de vigilància) és un sistema de salut electrònica mòbil de codi obert. S’ha desplegat per implementar control de malalties i procediments de control de brots.

S’ha desplegat eficaçment en diversos països, inclosos Ghana, Nigèria, Nepal i Fiji, per a la vigilància i detecció precoç de COVID-19..

SORMAS és un sistema gratuït i de codi obert que segueix els estàndards de protecció de dades.

Tòquio COVID-19

A diferència de moltes altres ciutats i governs, Govern metropolità de Tòquio ha desenvolupat un lloc web de codi obert que informa als seus residents sobre COVID-19. Al fer-lo de codi obert, el lloc ha vist aportacions de més de 200 usuaris. Altres tres ciutats, Chiba, Nagano i Fukuoka, han recreat el lloc web.

OpenELIS

L’objectiu del Sistema sanitari OpenELIS és millorar l’assistència sanitària proporcionant un sistema de gestió progressiva d’informació de laboratori basat en estàndards que es poden fer servir per diverses iniciatives sanitàries per millorar les opcions de tractament.

El brot COVID-19 ha presentat un repte global de traça de contactes i proves massives de casos sospitosos. El sistema OpenELIS es pot desplegar eficaçment per combatre COVID-19 per facilitar el seguiment de proves i resultats de laboratori.

Boxa d’eines de salut comunitària

El Boxa d’eines de salut comunitària és una col·lecció d’eines de codi obert, així com recursos d’accés obert que té com a objectiu construir i desplegar eines digitals per utilitzar-les en iniciatives de salut comunitària en àrees de difícil accés.

La comunitat de desenvolupadors Community Toolkit s’ha mobilitzat per desenvolupar eines i recursos destinats a ajudar els treballadors sanitaris comunitaris per afrontar el COVID-19.

CHIME

El Model d’impacte hospitalari COVID-19 per a l’epidèmia (CHIME) és una aplicació de codi obert desenvolupada per científics de dades de la Penn Medicine – Universitat de Pennsilvània. És una eina en línia que permet als hospitals predir l’impacte del virus en els recursos sanitaris.

Es desenvolupa mitjançant Python i la dependència de codi obert de pandas.

Mapa d’atenció COVID

El Mapa d’atenció COVID ajuda a cartografiar els recursos sanitaris ja existents i a la previsió de llacunes en llits hospitalaris, ventiladors, subministraments mèdics i personal. Tots els mètodes, eines de processament de dades, visualitzacions i codi font són gratuïts i de codi obert.

El projecte COVID Care Map pretén anticipar-se i actuar per convocar suport per cuidar eficaçment el nombre que creix ràpidament d’infeccions per COVID-19 i els que necessiten cures intensives.

Locale.ai

Locale.ai ha desenvolupat una visualització interactiva de codi obert de tots els casos confirmats de COVID-19 a tot el món. Consulta el conjunt de dades de codi obert de la Universitat John Hopkins.

Locale.ai va desenvolupar el Web de visualització COVID-19 mitjançant l’ús de Vue.js, que és un marc popular que permet als desenvolupadors crear aplicacions web modernes.

COVID-19 a tot el món

Aquesta aplicació fa ús d’una visualització de mapes per controlar la propagació de COVID-19, els casos confirmats i el desenvolupament de la malaltia a tot el món. Fa ús de les dades de John Hopkins CSSE.

Rastreador de coronavirus

Es tracta d’una aplicació brillant desenvolupada per John Coene. Fa el seguiment de la propagació de COVID-19 mitjançant l’ús de dades de John Hopkins, dades DXY i Weixin. L’aplicació mostra el nombre de casos sospitosos, confirmats i recuperats per temps i regió. El codi està disponible a Github.

Casos globals COVID-19

Casos globals COVID-19 és una aplicació brillant desenvolupada per Christoph Schoenenberger que mostra els desenvolupaments de COVID-19 en un mapa, trames, taules resum i figures. El seu codi està disponible a Github.

Governs i COVID-19

Aquesta és una aplicació brillant desenvolupada per Sebastian Engel-Wolf. Cartografia el creixement exponencial COVID-19, dies fins a la doble infecció, casos confirmats, taxa de mortalitat i el nombre de casos confirmats per cada 100.000 persones en diferents regions. El codi està disponible a Github.

Embalatge

La comunitat de codi obert ha respost de manera ràpida i eficaç a la pandèmia COVID-19. S’han construït molts projectes i es continuen construint per combatre la propagació de la malaltia. Aquest article descriu alguns dels projectes. Encara hi ha incertesa sobre com avançarà la malaltia en les properes setmanes. Més projectes que puguin aprofitar les tecnologies de codi obert existents trobaran un lloc en la lluita contra aquesta malaltia mortal.

Cuidat!

Article del Dr. Michael J. Garbade, conseller delegat d’Educació Ecosistema

Jeffrey Wilson Administrator
Sorry! The Author has not filled his profile.
follow me
    Like this post? Please share to your friends:
    Adblock
    detector
    map