20 Open-Source-Tools können COVID-19 Cure Research unterstützen

Regierungen, Wissenschaftler und Forschungseinrichtungen setzen Technologie und Innovation ein, um COVID-19 zu bekämpfen.


Open-Source-Tools wurden entwickelt und einige werden weiterhin getestet, um die Anstrengungen zu unterstützen, die unternommen wurden, um die Ergebnisse dieses tödlichen Virus zu minimieren.

Es gibt bereits eine Reihe von Open-Source-Tools, mit denen Forscher mehr über die Krankheit erfahren, die Ausbreitung identifizieren, die Ausbreitung verhindern und die weitere Ausbreitung und Todesfälle minimieren können. Eine Reihe von Projekten ist im verfügbar Bildungsökosystem das beschreibt, wie man verschiedene Werkzeuge benutzt.

Dieser Artikel befasst sich mit einigen Open-Source-Tools und -Bibliotheken, die zur Überwachung, Prävention und Eindämmung, Diagnose und Behandlung von COVID-19 verwendet werden.

COVID-19 Tracking Map

Im Januar startete das JHU-Zentrum für Systemwissenschaft und -technik eine COVID-19 Global Tracking Map Dies wurde schnell zu einer international vertrauenswürdigen Quelle für die Daten der sich entwickelnden Pandemie in Echtzeit.

Die Karte ist Open Source und wurde verwendet, um Forschungs- und Visualisierungsbemühungen von Top-Medienorganisationen, kleinen Organisationen und lokalen Regierungen voranzutreiben.

DXY-COVID-19-Crawler

DXY-COVID-19-Crawler ist eines der frühesten Open-Source-Projekte, die entwickelt wurden, um auf COVID-19 im Januar zu reagieren.

Die Entwickler verwendeten Daten von DXY.cn, einer Website, die von chinesischen Ärzten verwendet wurde, um Fälle zu melden und zu verfolgen. Sie entwickelten einen Webcrawler, der Daten von der Site sammelte und über eine API und ein Data Warehouse verfügbar machte. Der Code ist verfügbar am Github.

Öffnen Sie das Data Kit

Open Data Kit (ODK) ist kein neues Werkzeug. Es wurde bereits während der Ebola-Ausbrüche in Westafrika im Jahr 2004 und des jüngsten Ausbruchs in der Demokratischen Republik Kongo im Jahr 2019 eingesetzt.

Es hilft Benutzern hauptsächlich beim Sammeln, Verwalten und Verwenden von Daten bei der Kontaktverfolgung, der strategischen Zuordnung, der Entscheidungsunterstützung, der Sensibilisierung der Community und dem Fallmanagement.

Die ODK-Community hat ihre Verwendung als Reaktion auf COVID-19 weiter ausgebaut, indem sie in ihren Bereitstellungen ein Berichtsformular zur Verfügung gestellt hat. Das Formular wurde gemäß dem Protokoll der Weltgesundheitsorganisation zur Untersuchung von Fällen sowie zur Rückverfolgung und Untersuchung von Kontakten erstellt.

Die Hauptentwickler bieten außerdem kostenlosen Support für alle Organisationen an, die das ODK als Reaktion auf COVID-19 bereitgestellt haben.

Nextstrain

Nextstrain verfolgt die Entwicklung von Krankheitserregern. Es wurde zuvor verwendet, um die Familiengeschichte einer Krankheit zu ermitteln und so die Vorhersage des Krankheitsverlaufs zu ermöglichen.

Es wurde erfolgreich in früheren Epidemien wie Ebola eingesetzt. Durch genetische Daten der Globalen Initiative zur Weitergabe aller Influenza-Daten (Gisaid) wird Nextxtrain zur Bekämpfung von COVID-19 eingesetzt.

DHIS2

Sie wissen es wahrscheinlich schon DHIS2. Es ist das weltweit größte Gesundheitsinformationsmanagementsystem. Es wird in mehr als 70 Ländern eingesetzt. Als Teil der Reaktion auf COVID-19 hat DHIS2 ein digitales Datenpaket veröffentlicht, das die Erkennung, Meldung, Überwachung und Behandlung von Infektionen beschleunigt.

Das digitale Datenpaket DHIS2 verwendet Standard-Metadaten, die mit dem Protokoll der WHO zur COVID-19-Falldefinition und -überwachung abgestimmt sind, um eine schnelle Bereitstellung und Reaktion zu ermöglichen.

Pikobar West Java

Das indonesische Informations- und Koordinierungszentrum für Krankheiten und Katastrophen ist ein Krisenreaktionszentrum, das gegründet wurde, um COVID-19 in der indonesischen Provinz West-Java zu mildern und darauf zu reagieren.

Der Jabar Digital Service hat im Rahmen der Antwort eine Open-Source-Web-Tool und App Dadurch können Benutzer auf die neuesten COVID-19-Daten zugreifen.

OpenMRS

OpenMRS ist ein Patientenversorgungssystem, das in vielen Entwicklungsländern auf der ganzen Welt eingesetzt wird. Aufgrund der Flexibilität der OpenMRS-System, Länder, deren Gesundheitsressourcen belastet waren, können sie zur Überwachung, Überprüfung und Behandlung von COVID-19 verwenden.

Das System kann ihnen helfen, ihre Kapazitäten zu erweitern, indem es ihnen Zugang zu wissenschaftlich fundierten Informationen zur Bewältigung der Krise verschafft.

OpenLMIS

Das OpenLMIS-Projekt nutzt eine Community-fokussierte Taktik, um ein Open-Source- und ein anpassbares Logistikmanagement-Informationssystem zu entwickeln. Das OpenLMIS-System zielt darauf ab, die Datengenauigkeit zu verbessern, die Rechenschaftspflicht zu erhöhen, die Aktualität der Daten und die Sichtbarkeit zu verbessern.

Das OpenLMIS-System zielt darauf ab, die Gesundheitsversorgungsketten, das Inventar der medizinischen Ressourcen zu verbessern, um ein klares Bild der verfügbaren medizinischen Versorgung, einschließlich Testkits, und PSA (persönliche Schutzausrüstung) zu erhalten. Dieses Tool kann effektiv eingesetzt werden, um Entscheidungsträger bei der Zuweisung von Ressourcen als Reaktion auf COVID-19 zu unterstützen.

Gesundheitsseiten

Das Global Healthsites Mapping-Projekt ist ein Projekt, das darauf abzielt, jede Gesundheitseinrichtung der Welt abzubilden und die Details jedes Krankenhauses leicht zugänglich zu machen. Die Daten zu Gesundheitseinrichtungen wurden über eine API zugänglich gemacht.

Durch die Zusammenarbeit mit Benutzern erfasst und validiert das healthsites.io-Team den Standort und die Kontaktdaten jeder Gesundheitseinrichtung und macht die Daten über eine Open Data-Lizenz frei verfügbar und zugänglich.

SORMAS

SORMAS (Management- und Analysesystem für Überwachungsausbrüche) ist ein Open-Source-E-Health-System für Mobilgeräte. Es wurde eingesetzt, um Krankheitsbekämpfungs- und Ausbruchsmanagementverfahren zu implementieren.

Es wurde in mehreren Ländern, darunter Ghana, Nigeria, Nepal und Fidschi, effektiv zur Überwachung und Früherkennung von COVID-19 eingesetzt.

SORMAS ist ein kostenloses Open-Source-System, das den Datenschutzstandards entspricht.

Tokio COVID-19

Im Gegensatz zu vielen anderen Städten und Regierungen ist die Stadtregierung von Tokio hat eine Open-Source-Website entwickelt, die ihre Bewohner über COVID-19 informiert. Durch die Open-Source-Version wurden Beiträge von über 200 Benutzern veröffentlicht. Drei weitere Städte, Chiba, Nagano und Fukuoka, haben die Website neu erstellt.

OpenELIS

Der Zweck der OpenELIS Gesundheitssystem soll die Gesundheitsversorgung verbessern, indem ein fortschrittliches, auf Standards basierendes Laborinformationsmanagementsystem bereitgestellt wird, das von verschiedenen Gesundheitsinitiativen zur Verbesserung der Behandlungsoptionen verwendet werden kann.

Der COVID-19-Ausbruch hat die Kontaktverfolgung und Massentests von Verdachtsfällen zu einer globalen Herausforderung gemacht. Das OpenELIS-System kann effektiv bei der Bekämpfung von COVID-19 eingesetzt werden, um die Verfolgung von Labortests und -ergebnissen zu erleichtern.

Community Health Toolkit

Das Community Health Toolkit ist eine Sammlung von Open-Source-Tools sowie Open-Access-Ressourcen, die darauf abzielen, digitale Tools für die Verwendung in kommunalen Gesundheitsinitiativen in schwer erreichbaren Bereichen zu erstellen und bereitzustellen.

Die Entwicklergemeinschaft des Community Health Toolkit hat sich mobilisiert, um Tools und Ressourcen zu entwickeln, die darauf abzielen, die Gesundheitshelfer der Gemeinde bei der Bekämpfung von COVID-19 zu unterstützen.

CHIME

Das COVID-19 Hospital Impact Model für Epidemien (CHIME) ist eine Open-Source-Anwendung, die von Datenwissenschaftlern der Penn Medicine – University of Pennsylvania entwickelt wurde. Es ist ein Online-Tool, mit dem Krankenhäuser die Auswirkungen des Virus auf die Ressourcen des Gesundheitswesens vorhersagen können.

Es wurde unter Verwendung von Python und der Open-Source-Abhängigkeit von Pandas entwickelt.

COVID Pflegekarte

Das COVID Pflegekarte Hilft bei der Kartierung der bereits vorhandenen Ressourcen im Gesundheitswesen und bei der Vorhersage von Lücken in Krankenhausbetten, Beatmungsgeräten, medizinischer Versorgung und Personal. Alle Methoden, Datenverarbeitungswerkzeuge, Visualisierungen und der Quellcode sind kostenlos und Open Source.

Das COVID Care Map-Projekt versucht, Unterstützung zu antizipieren und zu beschwören, um die schnell wachsende Anzahl von COVID-19-Infektionen und diejenigen, die eine Intensivpflege benötigen, effektiv zu behandeln.

Locale.ai

Locale.ai hat eine Open-Source-interaktive Visualisierung aller bestätigten Fälle von COVID-19 weltweit entwickelt. Es fragt den Open-Source-Datensatz der John Hopkins University ab.

Locale.ai entwickelte die COVID-19 Visualisierungswebsite durch die Verwendung von Vue.js, einem beliebten Framework, mit dem Entwickler moderne Web-Apps erstellen können.

COVID-19 auf der ganzen Welt

Diese App nutzt eine Kartenvisualisierung, um die Ausbreitung von COVID-19, die bestätigten Fälle und die Entwicklung der Krankheit auf der ganzen Welt zu überwachen. Es verwendet Daten von John Hopkins CSSE.

Coronavirus-Tracker

Dies ist eine Shiny App, die von John Coene entwickelt wurde. Es verfolgt die Verbreitung von COVID-19 mithilfe von Daten von John Hopkins, DXY-Daten und Weixin. Die App zeigt die Anzahl der verdächtigen, bestätigten und wiederhergestellten Fälle nach Zeit und Region. Der Code ist verfügbar am Github.

COVID-19 Globale Fälle

COVID-19 Globale Fälle ist eine von Christoph Schoenenberger entwickelte Shiny-App, die die Entwicklungen von COVID-19 auf einer Karte, Plots, Übersichtstabellen und Abbildungen zeigt. Sein Code ist auf Github verfügbar.

Regierungen und COVID-19

Dies ist eine Shiny App, die von entwickelt wurde Sebastian Engel-Wolf. Es zeigt das exponentielle Wachstum von COVID-19, die Tage bis zur Doppelinfektion, bestätigte Fälle, die Sterblichkeitsrate und die Anzahl bestätigter Fälle pro 100.000 Menschen in verschiedenen Regionen. Der Code ist auf Github verfügbar.

Einpacken

Die Open-Source-Community hat schnell und effektiv auf die COVID-19-Pandemie reagiert. Viele Projekte wurden und werden gebaut, um die Ausbreitung der Krankheit zu bekämpfen. Dieser Artikel beschreibt einige der Projekte. Es besteht weiterhin Unsicherheit darüber, wie sich die Krankheit in den kommenden Wochen entwickeln wird. Weitere Projekte, die die vorhandenen Open-Source-Technologien nutzen können, werden einen Platz im Kampf gegen diese tödliche Krankheit finden.

Bleib sicher!

Artikel von Dr. Michael J. Garbade, CEO, Bildungsökosystem

Jeffrey Wilson Administrator
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